Les centres de formation d’apprentis (CFA) qui adressent à OPCO Atlas des factures de prise en charge de contrats d’apprentissage doivent continuer à utiliser les canaux de dépôt dédiés de l’opérateur. Dans sa note publiée le 7 octobre 2026, Atlas cite l’API CFA, la plateforme Pro-forma et ses autres services de dépôt.
Pourquoi ces factures gardent-elles un circuit dédié ?
Atlas rattache cette procédure à la nature des dépenses concernées : l’opérateur indique que les prises en charge des contrats d’apprentissage relèvent d’opérations exonérées de taxe sur la valeur ajoutée (TVA). Pour ces factures, il demande donc aux CFA de conserver le circuit qu’il a prévu plutôt que de les envoyer par une plateforme de facturation électronique.
Le canal choisi peut aussi influer sur le traitement du dossier. Selon Atlas, les factures transmises par l’API CFA ou Pro-forma peuvent être associées à l’échéancier de paiement attendu. Un envoi par une plateforme de facturation électronique n’est pas rattaché directement à cet échéancier et nécessite des contrôles supplémentaires, ce qui peut allonger le délai de paiement.
Quel canal utiliser pour les factures d’apprentissage ?
Pour les factures de prise en charge qui lui sont adressées, Atlas demande de poursuivre la procédure habituelle : utiliser l’API CFA, Pro-forma ou un autre service de dépôt mis à disposition par l’opérateur. Avant de modifier un paramétrage ou une consigne comptable, le CFA peut vérifier le canal prévu pour son dossier et transmettre cette consigne à l’équipe qui prépare les factures.
Atlas précise également que les frais de mobilité internationale liés à un contrat d’apprentissage restent facturables selon la procédure habituelle. Cette indication concerne les dépenses rattachées à ces contrats.
Vérifier les autres factures séparément
La consigne décrit le circuit d’Atlas pour les factures de prise en charge de l’apprentissage. Elle ne permet pas de déduire la règle applicable à toutes les factures d’un CFA : pour une autre prestation, il faut vérifier le périmètre et l’échéance qui concernent l’organisme. Les CFA qui travaillent avec un autre OPCO doivent aussi consulter les consignes de cet opérateur avant de modifier leur procédure.
Sources de référence
À retenir
OPCO Atlas demande aux centres de formation d’apprentis qui lui adressent des factures de prise en charge de contrats d’apprentissage de conserver ses canaux dédiés, dont l’API CFA et Pro-forma. Atlas indique qu’un envoi par une plateforme de facturation électronique entraîne des contrôles supplémentaires et peut retarder le paiement.
